ستاد موظف است بر اساس سیاست ها و راهبردهای کلان مندرج در فاز اجرایی سند تحول بنیادین؛ و نیز مطالعه وضع موجود و توان واقعی؛ اهداف عملیاتی این سند را به طور سالیانه روز آمد نماید؛ به طریقی که در آذر ماه هر سال در دسترس صف؛ برای برنامه ریزی سال تحصیلی بعد قرار گیرد.
معاونین ستادی شامل معاون آموزش و پژوهش، معاون فرهنگی، معاون مشاوره، معاون اجرایی، معاون طرح و برنامه و مدیریت مالی و بودجه می باشند و آن ها برای انجام وظایف خود می توانند عناصر صف را بر اساس دستور العمل همکاری عناصر صف با ستاد دعوت به همکاری نمایند.